巴彦淖尔市医院占地面积7万平方米，建筑面积5.47万平方米，是巴彦淖尔市唯一一所国家三级乙等综合性医院，主要承担全市170万各族群众医疗保健和各旗县区急危重症转诊患者的救治重任。
医院现有在职职工1698人，其中，高级职称231人，中级职称380人，初级职称649人；博士、硕士研究生22人，本科学历527人。
医院设病床1300张，年病床使用率79.53%。内设科室85个，其中，包括临床科室44个，医技科室15个，行政后勤科室26个。
医院坚持“建名院、树名科”的学科建设理念，制定了科学、合理的学科建设方案，使医院形成了龙头学科与发展学科、特色专业与一般专业、优势方向与发展方向并存、互长的良性学科发展环境。急诊医学科、妇产科、医学工程科为医院重点学科。其中，急诊医学科于2009年顺利通过了自治区重点学科评审验收，在有力提升医院核心竞争力的同时，填补了我市医疗卫生系统长期以来无自治区重点学科的空白。介入导管科、放疗科、心胸外科、肿瘤内科等新型学科，在医院的大力扶持下，近年来发展稳定，整体实力明显增强。另外，2001年以来，全院21个二级专科也相继达到三级医院建设标准。
医院坚持“引进与推广”、“普及与提高”相结合的方针，鼓励各专科大力引进、推广、应用医疗新技术和适宜技术，目前多专业领域应用的腔镜技术日渐成熟，如腔镜下胃肠道肿瘤根治术及腹腔镜甲状腺切除术年平均开展百余例，这两项技术属自治区领先技术；腔镜下肾癌根治术与肾上腺肿物切除术年开展20余例；腹腔镜胆囊切除术占胆囊手术90%，年开展1000余例；妇科腔镜技术年开展近300例。另外，全膝关节置换术、脊髓高颈段肿瘤切除术、听神经瘤切除术、嗜胳细胞瘤切除术、甲状腺联合根治术、脊柱侧弯矫形术、喉癌全喉并颈部淋巴结清扫术、胸腺瘤切除术、直肠癌全系膜切除术、急性心梗脑梗的溶栓治疗等大批高新技术在市、区两级也具有较高的影响力。截至2009年底，医院已完成三级医院必备项目156项，重点项目150项。每年开展新技术项目约60多项。
医院重视科研工作，不断完善科研工作激励考核管理机制，相继制定了《科技论文管理奖励办法》、《科技成果奖励办法》、《科研经费使用办法》，对每年评出的优秀论文特别是高水平论著的完成人，及获得市级以上奖励的科技成果予以奖励；对获得立项的科研课题、有前景的自选课题积极予以经费支持。同时将科研工作纳入综合目标《责任状》考核范畴，将科研任务的完成情况与科室评优、年终奖发放等直接挂钩。在各项制度措施的激励下，医院科研工作取得不菲成绩，近三年间，有刘俊芳院长参与完成的《内蒙战区饮水型砷中毒的病因与防治研究》获解放军总后勤部科技进步二等奖；由刘俊芳院长负责的《RSA基因多态性与内蒙古地区人群Ⅱ糖尿病及合并肾病的相关性研究》通过了自治区科技厅鉴定，另有4项科研项目通过市科技局鉴定；获自治区科技进步奖5项，盟市级科技进步奖16项，内蒙古自然科学基金课题2项，每年发表于国内外各级专业刊物的论文百余篇。